• 機械工程學院
• 材料科學與工程學院
• 能源與動力工程學院
• 電力工程學院
• 自動化學院
• 信息與通信工程學院
• 計算機工程學院
• 經濟與管理學院
• 建築工程學院
• 藝術與設計學院
• 汽車與軌道交通學院
• 環境工程學院
• 馬克思主義學院
• 人文與社會科學學院
• 外國語學院
• 數理部
• 體育部
• 工業中心、創新創業學院
• 國際教育學院
• 繼續教育学院

(一)  党政管理部门

• 黨委辦公室、校長辦公室
• 黨委組織部、黨委統戰部、黨校、機關黨委
• 黨委宣傳部
• 紀委（監察專員辦）
• 學科建設辦公室、黨委研究生工作部、研究生處
• 發展與對外合作處  、 校友會办公室  、 教育发展基金會办公室
• 黨委教師工作部、人事處、人力資源管理與交流中心
• 教務處  、 教師教學發展中心
• 教學質量管理辦公室  、 高等教育研究所
• 黨委學生工作部、學生工作處  、 人民武裝部
• 財務處
• 審計處
• 科技與産業處( 科研機構建設與管理辦公室隸屬，資産經營公司、大學科技園挂靠）
• 國際合作與交流处、港澳台合作交流办公室
• 黨委保衛部、保衛處
• 國有資産管理處（老校區資源規劃利用辦公室挂靠）
• 招投標與物資采購中心
• 網絡與信息中心
• 後勤保障處
• 基建處(校園總體規劃辦公室挂靠)
• 離退休工作處
• 技術轉移中心

(二)  群团组织

• 工會
• 團委

(三)  直属单位

• 圖書館
• 檔案館
• 學報編輯部
• 門診部  、 健康教育指導中心

(四)  附属单位

• 天印管理學院
• 南京博學苑房地産開發有限公司